Documentation pour FSPI
auteurs :
26 août, 2020
Introduction
La pandémie de la Covid-19 est la plus grande crise sanitaire globale depuis la grippe espagnole et ses conséquences sociales, économiques et géopolitiques sont encore loins d’être pleinement mesurées. La pandémie de covid-19 doit être replacer dans nos connaissances des épidémies de zoonoses
En prmier lieu, il convient de donner quelques précisions sur les trois niveaux d’analyse du phénomène d’émergence d’une nouvelle maladie infectieuse (voir regard 11 SFE21) : le biologique, l’épidémiologique et le politique
L’origine d’un agent infectieux et de son réservoir relève du premier niveau, le biologique. Dans le cas du SARS-CoV2, il s’agit d’un virus à ARN, classé dans le genre des Beta-coronavirus par les virologues. Pour le réservoir animal, il s’agit très certainement d’une espèce de chauves-souris insectivore et potentiellement d’un pangolin pour l’hôte mammifère intermédiaire. Les recherches menées à ce niveau d’analyse vont de la virologie, à l’immunologie en passant par l’infectiologie. Elles nous renseignent sur la diversité des virus et sur leurs capacités infectieuses, évolutives et adaptatives ainsi que sur les mécanismes des réponses cellulaires et immunitaires à l’infection et au changement d’hôtes.
Le deuxième niveau d’analyse, épidémiologique, s’intéresse au mode de transmission de l’agent infectieux entre animaux, entre animaux et humains, ou uniquement entre humains. Dans le cas du sars-cov2, il s’agit de comprendre et décrire la transmission d’un nouvel agent infectieux en partant de ses changements évolutifs et adaptatifs résultant du passage entre un hôte réservoir et un hôte intermédiaire, puis vers un ou plusieurs humains dans un environnement particulier, de ceux-ci à d’autres humains pour donner un premier cluster de transmission, pour conduire à une transmission à l’ensemble des populations humaines de la planète. Cette transmission s’inscrit dans un contexte écologique et social qui peut être celui de la crise de la biodiversité, du trafic d’animaux sauvages et de leur mise en élevage, d’une augmentation de l’urbanisation et des désirs de consommation de faune sauvage par une classe aisée, et enfin de la mondialisation des échanges et du tourisme.
Le troisième niveau, politique, concerne la gestion de la crise sanitaire. Celle-ci est révélatrice de la perception d’une épidémie par le corps social, par les acteurs de la santé et par les décideurs politiques. Une épidémie peut être bien réelle par le nombre de personnes infectées, voire par son impact sur la mortalité ou la morbidité humaine, tout en étant totalement invisible du public, voire même des acteurs de la santé. Mais, ayant acquis le statut de crise sanitaire, l’épidémie engendre une réponse (bio)politique. Celle-ci peut s’accompagner de mise en place de mesures de quarantaine, de confinement, de limitation des déplacements, de traçabilité des personnes, de développement de tests de dépistage et de traitements. La mise en place de ces mesures n’est pas sans conséquence sur les gestions de sortie de crise, d’apprentissage des leçons de la crise, et de préparation à l’éventualité de prochaines crises (Morand and Figuié 2018).
Les trois niveaux ne sont pas indépendants mais entretiennent des interactions nourries. Une écologie de l’émergence et des pandémies, occupe une position centrale entre les recherches sur les dynamiques évolutives et adaptatives des hôtes et des agents pathogènes (le biologique) et les recherches sur les dynamiques socio-politiques des crises sanitaires et de leurs conséquences (le biopolitique). La social-écologie de la santé a pour ambition précisément d’inscrire l’écologie évolutive des agents infectieux dans les dynamiques socio-écologiques et politiques. A cette position centrale s’ajoute la notion d’échelle entre le local et le global. S’agissant du local, il s’agit de répondre à la question de l’origine et du mécanisme de démarrage d’un cluster de transmission en lien aux conditions environnementales, écologiques et sociales. Le global lui doit analyser les mécanismes explicatifs de la propagation dans l’espace d’un petit cluster localisé de transmission, et pour le cas du sars-cov2 d’une transmission à l’ensemble de la planète.
Le premier chapitre présente les tendances globales des épidémies de zoonoses. Le deuxième chapitre résume brièvement quelques éléments sur la pandémie de covid-19. Le troisième chapitre donne quelques éléments factuels des changements environnementaux, socio-démographiques et de santé concernant les sociétés d’Asie du Sud-Est
Tendances globales sur les épidémies de zoonoses
Mondialisation des échanges et des épidémies
La base de données GIDEON sur les épidémies de maladies infectieuses est la plus complète disponible actuellement, même si elle n’est pas sans biais. Entre 1960 et 2019, le nombre reporté d’épidémies de maladies zoonotiques a augmenté rapidement avec un pic en 2008 avec la pandémie de grippe porcine nord-américaine H1N1 (Figure 1). Une analyse du réseau de partage des épidémies entre pays permet de calculer un indice de modularité pour chaque année. Des épidémies locales donnent des réseaux à forte modularité (indice proche 1) alors que des épidémies globales donnent des réseaux à faible modularité (indice tendant vers 0 ; à noter la faible modularité de l’année 2008). On observe que la modularité du partage des épidémies diminue des années 1960 aux années 2010, avec un point de rupture en 1976 (analyse de segmentation) . Après 1976, les épidémies se partagent par un nombre de plus en plus important de pays. Les épidémies se globalisent. Les données sur le trafic aérien sont disponibles dans les bases de données de la Banque Mondiale. Le nombre de passagers aériens est passé de 300 millions par an en 1960 à plus de 4 milliards en 2017, soit une augmentation de 1 300 %. L’augmentation du transport aérien semble contribuer à la globalisation des épidémies, mesurée par la modularité, depuis les années 70.
A: Nombre d’épidémies de zoonoses. B: Modularité du réseau de partage des épidémies. C: Nombre de passagers aériens. D: Relation entre la modularité du réseau de partage des épidémies (B) et le nombre de passagers
L’étude de la centralité des pays dans le partage des épidémies de maladies infectieuses montrent l’importance de l’Amérique du Nord (Etats-Unis), du Pacifique (Australie), de l’Europe (Royaume-Uni, Allemagne, France), un peu moins de l’Asie(Japon, Chine, Inde) comme « hub » de partage des épidémies (Figure 2). Les pays fortement connectés par les échanges internationaux sont centraux dans le partage des épidémies de maladies.
Centralité du partage des épidémies de maladies infectieuses entre pays en fonction de leur région géographique et de l’année
## Augmentation des épidémies L’augmentation des épidémies est en lien avec la crise de la biodiversité et l’extension de l’élevage. La Liste Rouge de l’IUCN compile des données sur le nombre d’espèces, les espèces menacées (et le nombre d’espèces évaluées) par pays, la base de données WAHIS de l’OIE sur le nombre d’épidémies touchant les animaux de rente, et la base de données FAOSTAT de la FAO sur le nombre de têtes de bétail par pays et par an (Figure 3). L’analyse des tendances sur la période la plus longue de l’ensemble de données (2000-2019) montrent (1) une corrélation positive entre l’accroissement des bovins sur la planète et le nombre d’espèces menacées, (2) une corrélation positive entre l’accroissement des bovins et le nombre d’épidémies, mais (3) l’absence de corrélation entre le nombre d’épidémies et le nombre d’espèces animales menacées. A partir d’un certain
A: Nombre d’espèces évaluées. B: Nombre d’espèces menacées. C: Nombre de têtes de bétail. D: Relation entre les épidémies d’épidémies humaines et le nombre de têtes de bétail. E: Relation entre le nombre d’espèces menacées et les épidémies humains
## Le rôle de la déforestation, l’afforestation et l’expension des plantations commerciales La déforestation est une cause majeure de perte de biodiversité, des études ont souligné les impacts potentiels de la perte de forêt sur l’émergence de maladies infectieuses. Le dernier rapport sur les forêts de la FAO (Organisation des Nations Unies pour l’alimentation et l’agriculture) et du PNUE (Programme des Nations Unies pour l’environnement) que l’impact négatif de la déforestation sur la santé humaine est souligné (FAO et PNUE 2020). Les études globales sur le lien entre déforestation, reforestation, afforestation, conversion des couverts forestiers ou agricoles en plantations commerciales et épidémies sont quasi inexistantes. Les tendances mondiales du changement du couvert forestier, et des expansion des plantations commerciales (palmier à huile) sont disponibles dans les bases de données de la Banque Mondiale et FAOSTAT. Globalement, le nombre d’épidémies de zoonoses semble associé à la déforestation au cours de la période de 1990 à 2016 et à l’augmentation des superficies converties en plantations de palmiers à huile. Le reboisement peut également être préoccupant en raison du nombre croissant d’épidémies, en particulier dans les pays non tropicaux à couvert forestier faible ou modéré, mais aussi dans des pays ayant des politiques d’afforestation comme la Chine ou le Vietnam.
Les leçons provisoires de la pandémie de covid-19
On assiste à une épidémie d’épidémies qui deviennent de plus en plus partagées entre les pays, en lien avec la mondialisation. Cela concerne aussi la santé humaine et des plantes.
processus locaux de l’émergence et globaux de la pandémie
- biologique : les hôtes intermédiaires et les réservoirs des virus à l’origine du sars-cov-2 sont toujours à rechercher. Les études virologiques, infectiologiques et immunologiques doivent nous permettre de mieux comprendre les potentialités de ces virus de se recombiner, de s’adapter et d’infecter des hôtes de la faune domestique et des humains
- socio-écologie de la transmission : Il s’agit de comprendre comment, dans quelles conditions environnementales, et où des hôtes réservoirs et intermédiaires ont pu se rencontrer ; aussi sur le comment des virus hébergés par les hôtes réservoirs peuvent se transmettre aux hôtes intermédiaires et/ou aux humains. La question de l’importance du trafic de la faune sauvage et/ou de leur mise en élevage est toujours sans réponse. Les déterminants locaux des passages de virus aux humains (ou aux animaux domestiques) sont nombreux : > le changement d’usage des terres, déforestation, afforestation, plantations commerciales, urbanisation, l’intensification et l’extension de l’élevage. Des études suggèrent un rôle du changement et particulièrement de la variabilité climatique dans l’émergence et/ou dans l’établissement des premières transmissions. Il reste à comprendre et à modéliser Les premières chaînes de transmission inter-humaine qui peuvent conduire au démarrage d’une épidémie.
3 La crise sanitaire : Les approches prédictives de type PREDICT (USAID) et de la « preparadness » de type étatsunienne ont elles montrées leur limites? Doit-on repenser la prédiction (par le scénario ?) pour réduire les émergences et/ou la transmisson et la préparation en cas de crise? Pourquoi peu de réponses intersectorielles ont été mises en place ?
Un renouvellement nécessaire des approches One Health / Global Health
L’approche One Health est encore trop centrée sur la biosurveillance et la biosécurité, et avec souvent l’absence de prise en compte de l’environnement et de la santé des écosystème, ayant pourtant le support du PNUE ou de l’Unesco. Le One Health doit dialoguer avec le Global Health (porteur des aspects de justice) et s’intégrer dans les grandes conventions du PNUE (biodiversité, désertification, climat). Il faut cependant reconnaître la complexité de l’architecture de la gouvernance régionale et internationale L’approche One Health doit s’intéresser aux villes et à leurs résiliences aux épidémies
L’Asie du Sud-Est
Biodiversité et diversité culturelle en danger
Une caractéristique principale de l’Asie du Sud-Est est sa diversité. Celle-ci s’observe dans les niveaux de développement économique entre et au sein des pays de la région, dans leurs systèmes politiques, dans les paysages géographiques entre hautes montagnes du Myanmar et vastes deltas du Vietnam. Ajoutons à cela la diversité culturelle, et plus particulièrement la diversité linguistique avec la présence de cinq grandes familles linguistiques (Figure @ref(fig:fig-4)). Les grandes religions, islam, bouddhisme, christianisme et hindouisme, côtoient le syncrétisme du taoïsme, du bouddhisme et des enseignements confucéens au Vietnam, ainsi que les très nombreuses pratiques animistes. L’Asie du Sud-Est est un « point chaud » (hot spot) de diversité biologique. Les nombres d’espèces endémiques dans les différentes zones biogéographiques de la région sont parmi les plus élevés de la planète. Comprendre cette richesse actuelle de la diversité biologique nécessite de prendre en compte le temps long. L’histoire paléogéographique permet de comprendre l’évolution de la biodiversité. Sa distribution actuelle s’explique à la lumière du dernier maximum glaciaire, il y a environ 150 000 ans (Figure4).
Diversité linguistique (A) et biogéographique (B) de l’Asie du Sud-Est
L’Asie du Sud-Est, située aux interfaces de l’Eurasie, l’Australie, l’Océanie et l’Océan Indien, a historiquement fait partie d’un réseau mondial reliant étroitement cette région à l’Inde, à la Chine et au Japon bien avant le temps des explorations et des colonisations européennes. L’Asie du Sud-Est a été insérée très tôt dans un système mondial d’échanges économiques qui a affecté ses socio-environnements et sa biodiversité.
L’Asie du Sud-Est est un des points chauds de biodiversité mondiale. Mais celle-ci subit une érosion unique par son ampleur et sa rapidité. L’Asie du Sud-Est est le premier point chaud mondial de biodiversité en voie d’extinction massive. La crise de la biodiversité dans cette région est également révélatrice d’une crise des sociétés traditionnelles et indigènes avec un nombre important de langues menacées. Les langues et savoirs locaux se diversifient dans des environnements riches en biodiversité selon l’hypothèse de co-évolution entre culture et biodiversité de l’anthropologue Luisa Maffi. Ces langues et savoirs sont menacés au même titre que la diversité biologique sous l’effet des changements environnementaux et socioéconomiques à l’œuvre en Asie du Sud-Est qui entraînent un appauvrissement conjoint de la biodiversité et de la diversité culturelle. Une perte qui n’est pas sans conséquence sur les émergences de maladies infectieuses et les risques sanitaires.
Table - Total number of languages, languages at threat, species and species at theat in Southeast Asia (data from IUCN Red List) and UNESCO
| country | total languages | languages at theat | total species | total species at threat |
|---|---|---|---|---|
| Brunei Darussalam | 17 | 2 | 1874 | 275 |
| Cambodia | 25 | 19 | 2733 | 280 |
| Timor-Leste | 1505 | 41 | ||
| Indonesia | 722 | 149 | 9016 | 1654 |
| Lao PDR | 89 | 32 | 2029 | 250 |
| Malaysia | 145 | 26 | 5637 | 1662 |
| Myanmar | 116 | 28 | 4188 | 357 |
| Philippines | 181 | 15 | 5191 | 884 |
| Singapore | 2479 | 326 | ||
| Thailand | 85 | 26 | 5342 | 674 |
| Vietnam | 108 | 28 | 4742 | 738 |
Diversité dans l’utilisation des terres
Land Use cover of Southeast Asia
Convergences et différences démographiques et de santé
Les valeurs de l’index de développement humain ont largement progressé pour tous les pays avec, en 2020, un regroupement des pays présentant de fortes valeurs, des valeurs intermédiaires et plus faibles (Figure 6). L’éspérance de vie, par contre, montre une plus grande convergence de l’ensemble des pays d’Asie du Sud-Est.
A: Human Developpement Index of Southeast Asian countries. B: Life expectancy at birth (year). (data from World Bank)
A: Fertility rate. B: Population size. (data from World Bank)
Une augmentation des animaux de rente contrastée entre pays
Opportunités
Existence de réseaux
L’appui et le renforcement des observatoires
Le manque de connaissances et de leur intégration
L’importance des politiques publiques et de la gouvernance régionale
Former les scientifiques / décideurs à l’interdisciplinarité / intersectorialité
References
Morand, S., and M. Figuié. 2018. Emergence of Infectious Diseases. Risks and Issues for Societies. Versailles: Editions Quae. https://www.dropbox.com/s/6ha29h1wf5hpfbl/Fieldguide_Murine%20Rodents.pdf?raw=1.